Epidemiología molecular de la tuberculosis
Grupos de investigación
La tuberculosis es una de las enfermedades relacionadas con la pobreza, que se transmite por vía respiratoria. Analizamos el genoma de las bacterias que la producen en nuestra población, para mejorar su control.
Equipo Científico
INVESTIGADOR PRINCIPAL
EQUIPO
Investigadores asociados: María José Iglesias, Isabel Otal, Jessica Comín, Xunxiao Lin, Alberto Cebollada, Daniel Ibarz, Jesús Viñuelas, Piedad Arazo.
Actividad del grupo de investigación
El grupo multidisciplinar participa en la vigilancia molecular de la tuberculosis en la Comunidad Autónoma de Aragón, en colaboración con los laboratorios de microbacterias de los hospitales de Aragón y de Salud Pública.
Realiza el estudio de genotipado de las cepas de M. tuberculosis multirresistentes (MDR) aisladas en España, en relación a la vigilancia molecular de la tuberculosis MDR. El grupo trabaja en la caracterización de las cepas causantes de brotes en la población española y estudia los elementos diferenciales en sus genomas. Estudia
las resistencias y la filogenia de los aislados de M. tuberculosis.
Participa en la formación continuada de estudiantes y personal del Sistema Nacional de Salud.
Sofía Samper es miembro de la Red Europea de Laboratorios de Referencia de Micobacterias (ERLTB-Net2).
Centro
UIT del Hospital Universitario del Miguel Sevet
Programas
Líneas de investigación
Epidemiología molecular de la tuberculosis
Artículos publicados
Vacío
2022
Millán-Lou MI, López C, Bueno J, Pérez-Laguna V, Lapresta C, Fuertes ME, Rite S, Santiago M, Romo M, Samper S, Cebollada A, Oteo-Iglesias J, Rezusta A. Successful control of Serratia marcescens outbreak in a neonatal unit of a tertiary-care hospital in Spain. Enferm Infecc Microbiol Clin (Engl Ed). 2022 May;40(5):248-254. doi: 10.1016/j. eimce.2021.05.014. PMID: 35577443.
Comín J, Otal I, Samper S. In-depth Analysis of IS6110 Genomic Variability in the Mycobacterium tuberculosis Complex.
Front Microbiol. 2022 Feb 24;13:767912. doi: 10.3389/fmicb.2022.767912. PMID: 35283840; PMCID: PMC8912993.
Comín J, Cebollada A, Ibarz D, Viñuelas J, Sahagún J, Torres L, Iglesias MJ, Samper S. Analysis of the twenty-six largest outbreaks of tuberculosis in Aragon using whole-genome sequencing for surveillance purposes. Sci Rep. 2022 Nov 5;12(1):18766. doi: 10.1038/s41598- 022-23343-1. PMID: 36335223; PMCID: PMC9637126.
Comín J, Cebollada A; Aragonese Working Group on Molecular Epidemiology of Tuberculosis (EPIMOLA); Samper S.
Estimation of the mutation rate of Mycobacterium tuberculosis in cases with recurrent tuberculosis using whole genome sequencing. Sci Rep. 2022 Oct 6;12(1):16728. doi: 10.1038/s41598-022-21144-0. Erratum in: Sci Rep. 2023 Feb 27;13(1):3367. PMID: 36202945; PMCID: PMC9537313.
Comín J, Madacki J, Rabanaque I, Zúñiga-Antón M, Ibarz D, Cebollada A, Viñuelas J, Torres L, Sahagún J, Klopp C, Gonzalo-Asensio J, Brosch R, Iglesias MJ, Samper
S. The MtZ Strain: Molecular Characteristics and Outbreak Investigation of the Most Successful Mycobacterium tuberculosis Strain in Aragon Using Whole-Genome Sequencing. Front Cell Infect Microbiol. 2022 May24;12:887134. doi: 10.3389/fcimb.2022.887134. PMID: 35685752; PMCID: PMC9173592.
2021
Gonzalo-Asensio J, Pérez I, Aguiló N, Uranga S, Picó A, Lampreave C, Cebollada A, Otal I, Samper S, Martín C. New insights into the transposition mechanisms of IS6110 and its dynamic distribution between Mycobacterium tuberculosis Complex lineages. PLoS Genet. 2018 Apr 12;14(4):e1007282. doi: 10.1371/journal.pgen.1007282. PubMed PMID: 29649213.
Arregui S, Iglesias MJ, Samper S, Marinova D, Martin C, Sanz J, Moreno Y. Data-driven model for the assessment of Mycobacterium tuberculosis transmission in evolving demographic structures. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Apr 3;115(14):E3238-E3245. doi: 10.1073/pnas.1720606115. PubMed PMID: 29649213.
Samper S, González-Martin J. Microbiological diagnosis of infections caused by the genus Mycobacterium. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2018 Feb;36(2):104-111. doi: 10.1016/j.eimc.2017.11.009. PubMed PMID: 29287920.
Pérez-Laguna V, García-Luque I, Ballesta S, Pérez-Artiaga L, Lampaya-Pérez V, Samper S, Soria-Lozano P, Rezusta A, Gilaberte Y. Antimicrobial photodynamic activity of Rose Bengal, alone or in combination with Gentamicin, against planktonic and biofilm Staphylococcus aureus. Photodiagnosis Photodyn Ther. 2018 Mar;21:211-216. doi: 10.1016/j.pdpdt.2017.11.012. PubMed PMID: 29196246.
2016-2020
2019
Moreno B B, R.;Andres-Lasheras, S.;Sevilla, E.;Samper, S.;Morales, M.;Vargas, A.;Chirino-Trejo, M.;Badiola, J. J. Antimicrobial Susceptibilities and Phylogenetic Analyses of Enterococcus hirae Isolated from Broilers with Valvular Endocarditis. Avian Dis 2019; 63 (2): 318-324. DOI 10.1637/11986-102418-Reg.1. ISSN: 0005-2086.
Perez-Lago L C-H, M. I.;Canas, F.;Copado, R.;Sante, L.;Pino, B.;Lecuona, M.;Gil, O. D.;Martin, C.;Munoz, P.;Garcia-de-Viedma, D.;Samper, S. A Mycobacterium tuberculosis Beijing strain persists at high rates and extends its geographic boundaries 20 years after importation. Sci Rep 2019; 9 (1): 4687. DOI 10.1038/s41598-019-40525-6. ISSN: 2045-2322.
2016
Sagasti S, et al. In-depth analysis of the genome sequence of a clinical, extensively drug-resistant Mycobacterium bovis strain. Tuberculosis (Edinb).100:46-52 (2016)
Nebreda T, et al. Peritoneal tuberculosis due to Mycobacterium caprae. IDCases. 5;4:50-2 (2016)
Nikolayevskyy V, et al. External Quality Assessment for Tuberculosis Diagnosis and Drug Resistance in the European Union: A Five Year Multicentre Implementation Study. PLoS One. 7;11(4):e0152926(2016)
Molina-Moya B , et al. Evaluation of GenoFlow DR-MTB Array Test for Detection of Rifampin and Isoniazid Resistance in Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol.;54(4):1160-3 (2016)
Millán-Lou MI, , et al. Mycobacterial diversity causing multi- and extensively drug-resistant tuberculosis in Djibouti, Horn of Africa. Int J Tuberc Lung Dis. 20, 150-153 (2016)
Proyectos activos
PROYECTOS
- Sociedad Española de Neumología y Cirugía Torácica (SEPAR), ”Seguimiento de pacientes con tuberculosis resistente en España” 01/06/2021-24
- CIBER ENFERMEDADES RESPIRATORIAS (CIBERES), 31/12/2020-24: “Innovation in Tuberculosis” INNOVA4TB – Marie Skodowska-Curie Research and Innovation Staff Exchange. H2020
- Instituto de Salud Carlos III FIS18/0336 “Análisis de las diferencias de IS6110 entre los miembros del complejo Mycobacterium tuberculosis y el papel de su localización en el origen de replicación”
PARTICIPACIÓN EN RED
- BIOLOGIA DE SISTEMAS DE MICOBACTERIAS BME IIT Temática RED2018-102677-T, BFU2018-102677-RED TEMATICA, 01/01/2020-22. RED TEMATICA DE EXCELENCIA NACIONAL
- “The European Network of National Reference Laboratory for Tuberculosis_2” (ERLTB-Net-2). Entidad de afiliación: Coordinated by Health Protection Agency, UK &
ECDC. Fecha de inicio-fin: 2018-2022. - CIBER Enfermedades Respiratorias desde 2007. Instituto de Salud Carlos III.
- Grupo de Genética de Micobacterias desde 1992. B35_20R. Gobierno de Aragón desde 2002.
- Grupo de Genética de Micobacterias. GIIS049. IIS Aragón.
Actividad y resultados más relevantes del año
En 2022 continuamos nuestra colaboración con Salud Pública de Aragón en la vigilancia molecular de la tuberculosis, genotipando los aislados de M. tuberculosis.
Realizamos la caracterización de los 26 brotes mayores de tuberculosis acontecidos en nuestra población aplicando la secuenciación genómica, WGS. En concreto
hemos realizado análisis muy detallado del brote más grande en nuestra población, analizando los factores de riesgo de los pacientes, la geolocalización de los casos,
sus diferentes cadenas de transmisión, y en colaboración con investigadores del I. Pasteur de París, hemos estudiado factores de virulencia que pudieran estar involucrados en la mayor transmisión de esta cepa. Hemos investigado la variabilidad de un elemento específico de M. tuberculosis complex, secuencia de inserción (IS) 6110, en una misma cepa, por si esto podía darnos alguna pista sobre su mecanismo de acción. Se han estudiado los casos de reactivación de la enfermedad, estudiando los aislados que han provocado los distintos episodios, para analizar la frecuencia de mutación de la bacteria en el periodo de latencia. En colaboración con el
Centro Nacional de Microbiología del Instituto de Salud Carlos III participamos en la vigilancia molecular de la tuberculosis multirresistente en España.
Fecha actualización
Octubre 2023